Se cuenta que después de la destrucción del Convento de los Agustinos por Agustín Gamarra el altar mayor fue traído aquí a San Francisco, lamentablemente un incendio lo destruyo en gran parte motivo por el cual parte de ese altar fue llevado a la Iglesia de San Jerónimo parte de ese altar se encuentra celosamente guardado por los Franciscanos en el claustro y donde no puede ser fotografiado, pude personalmente apreciar dicho claustro y el altar con la Virgen conocida como "La Gringa" por sus cabellos rubios naturales. Los actuales retablos y altares son de tipo republicano, el paso de los tiempos, los incendios y las modas y cambios de estilos terminaron por acabar con su legado colonial.